Usando sumas MD5, le haces al archivo en origen "md5sum archivo", y en el destino al recibir haces lo mismo, si no coinciden es que o no ha llegado entero, o ha llegado con errores, en cualquier caso no se transmitió bien.

ok, es una forma. Pero habrá otra forma implícita en el envío y no tener que cotejar del otro lado?? El tema es porque con el cron hay scripts que hacen la copia y cuando aun no esta completo el archivo, ya me lo estan queriendo usar en el servidor de destino.
Antes, el ftp de unix lo deposotaba con otro nombre de archivo hasta que estuviera completo.

El scp de OpenSSH no tiene una forma 'implícita' de verificar que se completó la transferencia (o mas bien de comunicarselo al sistema de archivos), pero tu problema puede solucionarse de muchas formas. Por ejemplo, podés llamar al scp desde un script que espere a que scp finalice y devuelva un 0, o mantener un archivo que diga si la transferencia se completó o no, o usar la salida de lsof (te lista los archivos abiertos) con grep para ver si el archivo todavía se está descargando. En fin, con el shell y los comandos UNIX todo es posible .